Die von Anfang an beim Sammeln mitgedachte Interdisziplinarität spiegelt sich auch in den heutigen Dauerausstellungen wider, die die stets wechselseitigen Beziehungen zwischen Mensch und Natur im Nordwesten Deutschlands in den Fokus rücken. Grundlage der Präsentationen bilden die typischen Landschaftsformen: Moor, Geest, Küste und Marsch sowie die Hunte, die Moore begrenzt und Geest und Marsch durchfließt.
Auch in seinen Sonderausstellungen greift das Landesmuseum regelmäßig Themen der Region auf, um sie dann im überregionalen, gegebenenfalls weltweiten, Kontext thematisch auszugestalten.